Stanice Holýšov leží v dlouhém přímém úseku tratě, kde prostor dovoloval staniční koleje postupem času pořádně protáhnout. Jestliže v sousedních stanicích, ve Stodě a ve Staňkově, jsou dopravní koleje spíše kratší (kolem 500 m), v Holýšově mají dopravní koleje délku okolo 700 metrů a umožňují tak křižování vlaků i s nejdelšími nákladními soupravami.
Výpravní budova leží v km 142,540 trati 180. Stanice je vybavena elektromechanickým zabezpečovacím zařízením 2.kategorie se světelnými návěstidly s rychlostní návěstní soustavou. Plzeňské zhlaví bylo až do roku 2013 obsluhováno signalistou ze stavědla 1, ten měl do října 2011 na starosti také spouštění mechanických závor chránících silniční přejezd místní komunikace hned za vjezdovým návěstidlem od Plzně. Holýšov byl byl tak svého času místem, kde se nalézaly nejen poslední funkční mechanické závory na trati 180, ale také poslední používané věžové stavědlo. Po celkové rekonstrukci plzeňského zhlaví v říjnu 2013 bylo však stavědlo 1 opuštěno a celou stanici dnes ovládá výpravčí z výpravní budovy. Výpravčí obsluhuje také staniční rozhlas čítající celkem tři reproduktory - jeden v čekárně a dva na nástupišti.
Hlavní část nádražní budovy tvoří patrová stavba přibližně čtvercového půdorysu, v níž je umístěna dopravní kancelář a v prvním patře byty pro zaměstnance. Na ni navazuje obdélníková přízemní část, kde se nachází čekárna s výdejnou jízdenek. Ze strany kolejiště je pak k čekárně přilepen přístřešek vybíhající daleko od budovy, jehož půdorys se opět blíží čtverci. Celá nádražní budova prošla v letech 2010 a 2011 opravou při níž dostala novou střechu a nový vnější nátěr, opravena byla také čekárna a sociální zařízení. Mimo věžového stavědla 1 na plzeňském zhlaví stojí na domažlickém zhlaví tvarově atypické stavědlo 3. Je jednopatrové, protažené do délky, a může souviset i s dřívější zastávkou, která se v Holýšově nacházela před vybudováním nádraží. Také za domažlickým zhlavím se nachází silniční přejezd, tentokrát hlavní silnice Plzeň - Folmava a proto již vybavený automatickými závorami. Ve stanici stojí též skladiště, z obou stran obklopeno nakládací plochou, jejíž severní část je i s nakládací rampou vydlážděná kamennými kostkami, připomínajícími dřívější časté nakládání a vykládání tanků pro bývalý vojenský prostor ležící nedaleko nádraží.
Kolejiště stanice sestává ze tří dopravních kolejí č.1, 2 a 3 a dvou manipulačních č.5 a 7. Právě u krátké manipulační koleje č.7 stojí skladiště a nakládací rampa. Na obou zhlavích odbočuje z dopravní koleje č.2 vlečka do areálu SVA a.s. Holýšov. Tento podnik vlastnil dokonce posunovací lokomotivu a záložní posunovadlo (které je dnes součástí muzejní sbírky výtopny Zdice), dnes je ale jako většina ostatních obsluhován kamiony a vlečkové kolejiště již využíváno není. Kolejiště stanice doplňuje relativně dlouhá kusá kolej 2a vedoucí souběžně s tratí do Plzně až k silničnímu přejezdu místní komunikace. Na jejím konci se nachází malá překládací rampa, která dříve sloužila k nakládce dřeva, dnes se ale pochopitelně nachází v dezolátním stavu. Kolejiště stanice má spád do 5 ‰ směrem k Plzni. Koleje v Holýšově jsou položeny s větší roztečí od sebe, prostor mezi nimi tak umožnil vznik širších nástupišť, jejichž klasické betonové panely jsou místy doplněny asfaltem. Tato nástupiště se nachází u všech tří dopravních kolejí.
Stanice slouží jako zastávka všem osobním vlakům, některé z nich se zde také pravidelně křižují. Díky dlouhým kolejím zde často na průjezd osobních vlaků a volnou trať čekají i nákladní vlaky. Ve stanici dosud přežívá malá nakládka, většinou jde o překládku kulatiny do vozů typu Eas z nakládací rampy, zatímco překládací plocha je využívána pro odstavování kamionů nedalekých podniků. Na kusé koleji 2a jsou v současné době deponovány nepotřebné vozy typu Es.
žst. Holýšov na fotomapě serveru Mapy.cz
